如果说古希腊是西方文明的摇篮，那么也可以说是爱琴海孕育了古希腊文明，这里曾经诞生了古希腊历史上比较早期的两个文明，发源于克里特岛的克里特文明和发源于伯罗奔尼撒半岛的迈锡尼文明。
这两个文明有很多的交集，克里特文明在前影响了出现相对较晚的迈锡尼文明。但是随着时间的推移和迈锡尼文明的发展，迈锡尼文明又反过来影响了克里特文明。这两个文明在《荷马史诗》中有一些描述，其中提到了神秘的米诺斯王宫、险要的迈锡尼城堡以及富庶的特洛伊城等，这也是目前为止对两个文明全部的记录。《荷马史诗》本身是一部口口相传的带有强烈神话色彩的著作，而且叙事风格是诗歌。
一般来说主流史学界都不认为克里特文明和迈锡尼文明是真实存在的，一直到十九世纪的考古发现才渐渐揭开了这段历史的神秘面纱。这一切有赖于两位考古学家的贡献，第一位是德国的亨利·谢里曼。谢里曼是《荷马史诗》的狂热粉丝，自幼喜欢阅读《荷马史诗》，并坚信其中记录的都是真实情况。等谢里曼成年后，靠经商积累的财富之后，来到了希腊和小亚细亚进行挖掘。十九世纪在小亚细亚发现了特洛伊城遗址，具体位置在当时的土耳其境内，之后又根据《荷马史诗》来到了伯罗奔尼撒半岛，发现了迈锡尼古城遗址，两个遗址证明了特洛伊和迈锡尼是曾经存在过的，但文明具体是什么样子就不得而知了。
第二位是英国的考古学家阿瑟·伊文斯，他在1900年率领考古队来到地中海地区，在克里特岛的克诺萨斯发现了米诺斯王宫的遗址。根据考古推断，克里特文明存在于公元前20世纪到公元前15世纪，可能起源于古埃及和小亚细亚。从已经出土的器物来看，克里特岛曾经是早期地中海的贸易良港，与古埃及和小亚细亚有着密切的商业联系，而从其建筑和器物的角度考察，克里特文明也可以被看作是亚非古大陆文明在地中海上的一处海岛次生文明。
克里特文明又叫做米诺斯文明，这是起源于古希腊神话中的克里特国王米诺斯。在古希腊时代，米诺斯王也是传说中的人物，与米诺斯这个传说中的人物而言，更为著名的就是他的米诺斯王宫以及米诺陶洛斯的传说。
在《荷马史诗》中有关于这些的记载，大致意思是米诺斯国王取得王位之后，为了证明王位继承的合法性，他祈求海神波塞冬赐予他一头公牛，作为祭祀波塞冬的祭品，波塞冬答应了，并且给了他一头白色的公牛，但由于这头神牛非常完美，米诺斯又舍不得杀掉它献祭给波塞冬，于是用了别的牛来代替。波塞冬发现后非常愤怒，对米诺斯的妻子帕西菲施加了诅咒，使得帕西菲疯狂地爱上了公牛。
米诺斯国王命令克里特岛上最伟大的艺术家、雕刻家以及建筑师代达罗斯造了一个木制的母牛，将妻子藏在了里面，可是由于木制的母牛太过于逼真，公牛与其交配，帕西菲就怀孕了，并且生下了牛首人身的怪物，名为米诺陶洛斯。为了遮丑，国王要求代达罗斯再造一座迷宫，宫中道路交错，无论谁只要一走进去，就再也无法找到出口，并将米诺陶洛斯关入了迷宫中。后来，米诺斯的儿子安德洛吉亚斯来到雅典参加体育竞赛，遭到雅典国王阿尔格斯的嫉妒，他让安德洛吉亚斯去猎杀公牛，结果后者反被杀死，盛怒之下，米诺斯国王率领舰队一举攻下雅典，命令雅典人每九年选出七对童男童女供凶残的米诺陶洛斯享用。
第三次进贡时，雅典国王阿尔格斯之子忒休斯主动请缨要去杀死牛怪。等他登上克里特岛以后遇到了米诺斯国王的女儿阿丽亚娜，公主给了他一柄锋利的神剑和一个线团，忒休斯进入了迷宫，并最终杀死了米诺陶洛斯，之后依靠线团留下的标记顺利走出了迷宫，带着公主启程回国，但在归途中由于酒神的干预，阿丽亚娜公主只能返回克里特岛。受到打击的忒休斯非常沮丧，竟然忘记了和父亲的约定，没有将黑色的船帆换成白色的船帆，而老国王在港口看到了船上依旧是黑色的船帆，认为儿子已经死去，于是就跳入了海中，之后为了纪念他就将此片海命名为爱琴海。
以上只是一段神话色彩浓重的传说，学术界都认为有关米诺斯王及其相关的事迹都是纯属虚构的。直到1878年的希腊考古学家卡洛凯里诺斯在克里特岛上发现了一些陶器，至此米诺斯王宫的谜团开始有了一些曙光。紧接着英国考古学家伊文斯挖掘出古代王宫的遗址，被认为就是传说中的米诺斯王宫，再后来克里特岛又发现多处王宫和城市遗址，比如玛利亚王宫遗址，古尔尼亚遗址等等，这些遗址和同时出土的器物表明克里特文明是世界古代文明之一，但并不能说明米诺斯国王等人是真实存在的。
实际上根据考古推断，克里特人建立了中央集权制的国家，雄伟豪华的王宫是文明的中心，国王是至高无上的，拥有巨大的权力和大量的财富。整个国家具有浓厚的宗教色彩，克里特岛出土的艺术品多为宗教题材，而克里特人则可能是比较温和的，并不喜欢战争，因为现有在克里特岛发现的艺术品中基本上没有描写军事题材的。
有证据表明贸易网络的失败导致米诺斯的城镇为饥荒所毁：米诺斯的麦子供应据信来自于黑海海岸的农场。许多学者相信古代的贸易王朝通常因为不经济的贸易而崩塌，因为缺乏会计手段，食品和粮食通常未被适当地重视，而奢侈品则被不当地过高估价。结果导致饥荒和人口的减小。而同时，日臻成熟的铁器渐渐取代铜器，米诺斯商人的贸易受到了严重的打击。当饥荒无法为贸易所缓解的时候，文明的衰落就不可避免了。
另一个理论指出，米诺斯的航海能力因为锡拉火山的喷发而遭到重创。这可能间接导致了迈锡尼的入侵，而后者的管理技能无法维持一个贸易王国。锡拉火山的喷发对米诺斯文明的影响仍旧在争议中。既然锡拉火山的喷发可能是近10000年间最猛烈的一次，考古学家和地质学家质问为何在根据碳同位素测定出的喷发的时间和米诺斯文明灭亡的时间间有如此大的间隔。这个间隔激起了全世界许多学者的兴趣，而越来越多的证据和理论被提出，试图解释米诺斯文明衰落这个谜团。
这些理论都围绕着锡拉火山的爆发展开。作为贸易中心的克里特的稳定与它的航海能力息息相关。这次喷发如今被定级为7级，如此大的能量足以引发巨大的海啸，吞噬周围岛屿的一切港口和船只，从而给克里特经济带来重创。而另一大理论认为爆发引发的火山灰遮蔽了太阳，导致持续数年的饥荒。而迈锡尼人利用这个时机进攻并征服了克里特岛。
直到1967年，一位美国的考古学家揭开了这个谜底。在克诺索斯以北约130千米的地方有一座桑托林火山岛。桑托林火山海拔高度仅566米，20世纪曾有过3次小规模的喷发，其威力远不能与维苏威火山相比，它的宁静使岛上祖祖辈辈的居民感到安全。但当美国人在岛上60多米厚的火山灰下挖出了一座古代商业城市时，世人改变了对它的看法。
经过的长时间的研究后证明，这是人类历史上一次最猛烈的火山爆发，大约在公元前1500年前后。直冲天际的火山灰弥漫在空中，覆盖了整个地中海东部地区，喷出的火山灰渣多达62．5平方千米，几乎在一瞬间，岛上的城市就被埋在厚厚的火山灰下。
由于地壳内极大的压力，迫使火山发生惊天动地的大爆炸，然后火山自行崩塌陷落，形成一个圆周足有60公里的火山口。炽热的岩浆喷薄而出，火山灰散落最远达到700千米处。克里特岛因火山爆发而遭遇到灭顶之灾，全岛很快被火山灰掩埋，由于火山爆发引起的海啸再次袭击克里特岛，终于使辉煌的米诺斯文明毁于一旦。
据史料记载，埃及的上空当时曾出现3天漆黑一片的情景。火山爆发引起了巨大的海啸，浪头的高度达数米，滔天的巨浪滚滚南下，很快便来到克里特岛，它摧毁了岛上的城市、村庄和沃土良田，船只被狂涛击碎，米诺斯无敌的舰队顷刻间化为乌有。
但是目前还有一种说法，就是克里特文明有少数生还者渡过爱琴海来到希腊伯罗奔尼撒半岛的东北部，将克里特的文字、艺术、科技都带到了这里，逐渐发展起了迈锡尼文明。
