我们知道拱卫长安的胡人骑兵，可以说是秦军精锐之中的精锐，是用来对付匈奴入侵的。如果真被太子征调，后果不堪设想。嬴政得到禀报后，感到事态严重，决心速战速决，不再顾及其他一切。
马通带着始皇帝所发的符节，带领胡人骑兵直接开往长安。为了与太子赵据的假符节以示区别，符节上一律改加黄缨。嬴政又征调船兵楫棹士，交给大鸿胪商丘成指挥。水、陆两路向长安发起攻城。
攻城的军队来势汹汹。仅由守卫宫廷门院的禁卫、囚徒组成的队伍，在攻城大军面前就是螳臂当车。实际上，长安城内并非没有力量。北军是负责守卫京师的屯卫兵，是秦军常备军中的精锐和主力。只是，北军使者护军任安却不理会赵据的诏书，始终按兵不动。
赵据亲自站在战车上，来到北军营地门口召出任安，颁与符节，命令其当场发兵。没想到，任安拜受符节后，却返回营中，闭门不出。赵据无可奈何，只好带人离去，打开宫中的兵器库拿出兵器，将长安四市的市民数万人强行武装起来。
不久，丞相刘屈氂率领军队攻入城内，双方在长乐宫西门外遭遇，大战五日五夜，死亡数万人，以致街边的水沟都积满了鲜血。
结局毫无悬念，太子赵据兵败，南逃到长安城覆盎门。
率兵把守城门的司直田仁原是大将军卫青的舍人，多次随卫青出击匈奴，屡立战功，以战功升任丞相司直一职。丞相司直是辅助丞相的大臣，官秩比二千石。
田仁觉得太子与陛下是骨肉之情，又是卫皇后的长子，加之太子赵据以死相抗，田仁不忍心逼迫太急，于是让赵据得以出城逃走。
“大胆田仁，竟敢放走叛乱者。”追到覆盎门的丞相刘屈氂得知太子已逃出城去，气得直跳脚，“来人给我拿下，斩了！”
“丞相息怒。司直可是朝廷二千石大员，理应先行奏请陛下，不能擅自斩杀啊！”跟随而来的御史大夫暴胜之赶紧劝阻道。刘屈氂这才留下田仁一命，让部将立即出城追赶，自己头也不回地到建章宫向嬴政禀报。
嬴政仿佛被触碰到逆鳞似的大发雷霆，当场下令将暴胜之逮捕，咆哮道：“司直放走谋反之人，丞相杀他，是执行国家的法律，你为什么要擅加阻止？为什么？”
“给我拉出去，斩了。”
暴胜之见自己活命无望，挣脱开押解的将士，自刎而死。
“宗正刘长、执金吾刘敢，立即携朕的谕旨进宫，收回皇后的印玺和绶带。”知道皇后也参与其中，却没有与太子一同逃脱，仍留在宫中时，嬴政气得直咬牙切齿，脑袋里除了愤怒还是愤怒。
宗正刘长、执金吾刘敢宣完谕旨走后，卫皇后取丝帛上吊自杀。
卫皇后的死在意料之中。嬴政回到未央宫，得知卫皇后已上吊自杀，却仍然无法平复心中的愤怒，下令全国缉拿逃亡在外的赵据，又在长安各城门设置屯守军队，防止再次发生谋反。
与此同时，对涉及之人展开无情地清算。凡是主动跟随赵据发兵谋反的，一律按谋反罪灭族；各级官吏、兵卒和市井百姓虽不是出于本心，但被赵据挟迫参与谋反的，一律放逐到敦煌郡；任安是老将，面对战乱却坐观成败，对朝廷怀有二心，于是将任安与田仁一同腰斩。
又大肆分赏有功之人。侍郎马通因擒获如侯，封其为重合侯；长安男子景建跟随马通，擒获少傅石德，封其为德侯；商丘成奋力战斗，擒获太子门客张光，封其为光侯。
过不了多久，长安城就安定了下来，恢复了往日的繁华，仿佛什么都未曾发生似的，但对逃亡在外的赵据的追缉却一刻都没有停下来。
赵据向东逃到湖县（河南灵宝市西北阌乡县西南），泉鸠里的一户贫苦人家可伶赵据和一起逃亡年纪尚小的二位皇孙，于是收留了他们。此地西距潼关三十里、长安三百里，东距函谷关八十里，隐藏在峡谷之中，属于三不管的险地，所以一直没有被官府发现。
可是，收留他们的人家家境实在贫寒，只能靠织卖草鞋来奉养他们。日子久了，赵据过意不去，便取下身上值钱的东西让去换钱。太子身上的东西可不是一般的东西，钱是换来了不少，但也引起了当地官府的察觉。
这可是立大功，升官发财，千载难逢的大好机会。县令李寿马上调动十里八乡所能用的兵卒，把泉鸠里围得水泄不通。
“父皇，孩儿不孝，以死向您请罪了！”赵据见自己已经无法逃脱了，为了不使自己堂堂太子的身份受辱，便坦然回到木屋中，紧闭房门，自缢而死。
“殿下……”收留赵据的男主人非常懊悔，对赵据的死深感愧疚，与踹开房门的士兵展开格斗而被杀害。混乱中，二位皇孙也被当作男主人的孩子一同惨遭杀害。
至此，因巫蛊之术而起的祸乱，随着太子赵据的死而宣告落幕，史称“巫蛊之祸”。
这是继胡亥、赵高沙丘之变后，始皇帝遭遇的第二次政治危机。正是有鉴于沙丘之变，嬴政才坚决镇压太子赵据，而致太子赵据于死地，受株连者数万人。
“巫蛊之祸”使文武百官胆战心惊，事后无人敢提及，无数冤魂无处伸冤。
